当前造成西葫芦烂瓜的主要病害有灰霉病、菌核病、果腐病和软腐病。这4种病害的病原菌不同，侵染西葫芦后的症状也不同，应对症下药早防治。
灰霉病病菌一般从凋萎的残花开始侵入，初期花瓣呈水渍状，后变软腐烂，并生出灰褐色霉层，使花瓣腐烂、萎蔫、脱落，之后病菌逐渐向幼瓜扩展。受害部位先变软腐烂，后着生大量灰色霉层。
菌核病主要侵染茎蔓和瓜，瓜染病时，初呈水渍状腐烂，后软化，长出白色菌丝，病斑上散生鼠粪状黑色菌核。
菌核病与灰霉病的防治方法和用药基本相同，能够使用蘸花、喷雾和烟剂熏蒸相结合的方法防治。一是要在蘸花药中加入50%异菌脲可湿性粉剂500 倍液预防。二是喷施50%异菌脲可湿性粉剂或50%乙烯菌核利水分散粒剂1000倍液。三是在闭棚后每亩用10%菌核净烟剂200克熏蒸。为避免西葫芦发生药害，熏烟时间应选在下半夜，并在第二天早上通风。
西葫芦发生果腐病，发病初期瓜呈湿润腐烂状，中后期病部长出白色略带粉红色的浓密霉层，病瓜腐烂，汁液从病部流出。防治果腐病，可以用72.2％霜霉威盐酸盐水剂600倍液或铜高尚27.12%碱式硫酸铜悬浮剂500倍液喷雾。
软腐病发病初期病瓜呈褐色水渍状，后迅速变软，病部内部组织腐烂。该病扩展速度快，病瓜腐烂后散出恶臭味，但无霉毛，这是同灰霉病、菌核病及果腐病的最大区别。软腐病属细菌性病害，病菌借雨水、灌溉水及昆虫传播，由伤口侵入。阴雨天或露水未干时整枝打杈、农田操作，损伤叶柄基部发生裂口，会引起病菌侵染，导致软腐病发生。防治软腐病主要使用铜制剂，如用50％琥胶肥酸铜（500倍液），或20％松脂酸铜乳油（500～800倍液）等。每隔 7～10天防治一次，连续防治2～3次，采收前3～5天停止用药。
对于这4种病害，除药剂防治外，还需要加强管理，注意降低棚内湿度。浇水时小水勤浇，选择晴天中午浇水。连阴天时使用烟剂熏烟防治病害，避免因喷药增加空气中水分含量。在保持棚内温度的基础上，注意加强通风。
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